Asociación genómica para tolerancia a cloruro de sodio en Solanum lycopersicum L.
Asociación genómica para tolerancia a cloruro de sodio en Solanum lycopersicum L.
Date
2020-12-15
Authors
Deanda Tovar, Alma Aurora
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidad Autónoma Chapingo
Abstract
Concentraciones altas de salinidad en suelo y agua
son problemas de gran importancia a nivel mundial
y una limitante para el desarrollo del tomate, por lo
cual es importante diseñar marcadores eficientes
para identificar materiales con tolerancia a esta
condición. El objetivo de la presente investigación
fue identificar regiones genómicas asociadas a la
tolerancia a salinidad durante desarrollo de plántula
mediante análisis de asociación en 89 líneas de
tomate. Se generó una biblioteca genómica de
SNPs (single nucleotide polymorphism) mediante
un análisis GBS (genotyping by sequencing).
Posteriormente, se asociaron caracteres
fenotípicos a SNPs mediante un análisis GWAS
(genome wide associations). La evaluación
fenotípica se realizó en plántulas cultivadas en
sistema de balsa flotante en condiciones salinas (0
y 150 mM de NaCl), bajo un diseño de bloques
completos al azar con tres repeticiones. El análisis
de varianza mostró significancia para genotipos en
los caracteres evaluados, sin detectarse
interacciones genotipo x tratamiento. Las líneas
L19, L29 y L47S8 mostraron la mayor tolerancia a
la condición salina. El GBS generó 22,127
marcadores o loci SNPs, de los cuales 14,328
fueron funcionales para el análisis GWAS, después
de un estricto análisis de filtrado. El análisis GWAS
reveló 54 marcadores asociados a seis caracteres
de plántula (peso seco de raíz, parte aérea y total,
altura de planta, longitud de raíz y área foliar) en
condiciones salinas; de los cuales, 18 están
asociados a genes descritos en el genoma de
referencia. Los cromosomas 1 y 8 tuvieron
asociaciones con 3 caracteres, los cromosomas 2,
3, 5, 6, 7, 9 y 12 con dos y los cromosomas 4, 10 y
11 con 1 carácter. Estos resultados muestran que
el GWAS puede utilizarse como una herramienta
adecuada para mejorar la eficiencia del
mejoramiento para tolerancia a salinidad en la
etapa de plántula.
Description
Tesis (Maestría en Ciencias en Horticultura)
Keywords
genotyping by sequencing,
genome wide associations, single nucleotide
polymorphism