Difrenciación genómica de semillas y cladodios de Opuntia spp., y su posible uso para diferenciación

Abstract

México se considera uno de los centros de origen y dispersión del género Opuntia, debido al gran número de especies que habitan en el país. Con el objetivo de conocer esta diversidad, en el presente trabajo se estimó la variabilidad y diversidad genómica de este género mediante las técnicas RAPDs e ISSRs. Para ello se consideraron 52 variedades de 11 especies de Opuntia. El DNA se extrajo mediante el método de CTAB tanto de cladodios como de semillas. El DNA obtenido de cladodio presentó una cantidad excesiva de mucílago que interfirió con la amplificación de los fragmentos mediante PCR, por lo que se extrajo DNA de semilla; estas muestras carecieron de estos metabolitos y facilitaron las amplificaciones respectivas. La similitud genética se estimó mediante el coeficiente de Jaccard y para la aglomeración se utilizó el método Neighbor-joining. Para realizar el árbol consenso se utilizó el programa FreeTree; considerando el método de remuestreo bootstrapping con 1000 repeticiones, el árbol consenso se visualizó con el programa Tree View. Con los resultados obtenidos se conformaron diferentes grupos con cada una de las técnicas de análisis. Con esta información fue posible corroborar la variabilidad intraespecífica y la diversidad interespecífica de las 11 especies estudiadas. Esta diversidad y variabilidad sugieren que todas las variedades estudiadas son diferentes a nivel de genoma. También se observó que algunas especies están muy relacionadas entre sí, como es el caso de O. ficus-indica, O. albicarpa y O. megacantha. Así mismo, se aprecia que a nivel intraespecífico las especies O. ficus-indica y O. albicarpa presentan alta variabilidad.