Identificación de QTL y selección genómica para resistencia al complejo mancha de asfalto en variedades nativas de maíz
Identificación de QTL y selección genómica para resistencia al complejo mancha de asfalto en variedades nativas de maíz
Date
2015-12
Authors
González Diéguez, David Omar
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidad Autónoma Chapingo
Abstract
El complejo mancha de asfalto (CMA) en maíz, causado por los hongos
Phyllachora maydis y Monographella maydis, es una enfermedad de importancia
económica en zonas tropicales y subtropicales de México, Centroamérica y parte
de Sudamérica. El objetivo de este estudio fue identificar fuentes de resistencia
al CMA en poblaciones nativas de maíz mediante un Estudio de Asociación del
Genoma Completo (GWAS, en inglés) y Selección Genómica (SG), a fin de
ampliar la base genética de resistencia a esta enfermedad. Un conjunto de 669
accesiones del Banco de Germoplasma del CIMMYT fueron cruzadas como
progenitores masculinos para la obtención de igual número de mestizos, lo cuales
fueron evaluados bajo condiciones de infección natural. Las accesiones per se
fueron genotipadas mediante el método de genotipificación por secuenciación
(GBS), obteniéndose 56,092 SNPs de alta calidad. Para el análisis GWAS se
evaluaron dos métodos, Single Marker y BayesB. De estos dos, los marcadores
identificados con BayesB explican la mayor proporción de varianza genética (49
%). A partir de estos SNPs se logró identificar genes candidatos potencialmente
involucrados en el mecanismo de defensa. Siete diferentes enfoques y modelos
fueron evaluados en SG; la mayor precisión de predicción se obtuvo utilizando
únicamente los marcadores significativos identificados con BayesB (𝑟𝑝𝑟𝑢𝑒𝑏𝑎 =
0.61). Los resultados demuestran que la resistencia al CMA es de herencia
poligénica y comprende QTL de efectos relativamente pequeños que en conjunto
explican la mitad de la varianza genética. Los mestizos derivados de las
accesiones Guat153 y Oaxa280 fueron los más tolerantes, por lo que éstas
podrían ser utilizadas como fuentes de resistencia al CMA.
Description
Tesis (Maestría en Ciencias en Biotecnología Agrícola)